मौसम में उतार चढ़ाव के दौरान गन्ना फसल की सुरक्षा के लिए भारतीय गन्ना अनुसंधान संस्थान द्वारा गन्ना किसानों को सलाह दी जा रही हैं कि प्रतिवर्ष गन्ने की खेती में वर्षा के कारण जल-भराव, बाढ़ अथवा सूखा पड़ने के कारण गन्ने की बुवाई, निराई- गुड़ाई आदि में व्यवधान उत्पन्न होता हैं। जिन क्षेत्रों में सूखा पड़ने की आशंका हो अथवा वर्षा ऋतु में लंबी अवधि तक वर्षा न हो ऐसे क्षेत्रों में सूखा सहने की क्षमता से युक्त सूखा रोधी किस्में जैसे को लख 94184, को लख 12209, को शा 08279 आदि किस्मों की बुवाई करनी चाहिए।
गन्ने की फसल में गन्ने की पताई अथवा पुआल का बिछावन पंक्तियों के बीच में डालने से भी बार-बार सिंचाई की आवश्यकता नहीं पड़ती। टपक सिंचाई अथवा छिड़काव विधि को अपनाने से पानी की बचत के साथ साथ अधिक उपज भी प्राप्त होती है। यदि सूखे की अवस्था में गन्ने की पत्तियां मुरुझाने लगी हों तो जीवन रक्षक सिंचाई करने से पहले पोटाश उर्वरक का पानी में 5% घोल बनाकर फसल पर छिड़काव करने से सूखे का हानिकारक प्रभाव कम हो जाता है।
जिन स्थानों पर जलभराव की स्थिति में जलप्लावित क्षेत्रों हेतु संस्तुत किस्में जैसे - को लख 94184, को से 9530, को से 96436, को लख 12207 आदि की ही बुवाई करनी चाहिए। जलप्लावन ग्रस्त क्षेत्रों में गन्ने की शरद कालीन बुवाई उत्तम है किन्तु शरद कालीन बुवाई संभव न होने पर बसन्त काल में गन्ने की अगेती बुवाई करनी चाहिए। बुवाई से पूर्व कार्बेण्डाजिम के 0.2% घोल में 20 मिनट तक डुबोकर गन्ना बीज का उपचार करके गन्ने की बुवाई ट्रेंच विधि से करनी चाहिए तथा उर्वरकों का प्रयोग वर्षा ऋतु से पहले अवश्य कर लें।
जलभराव के बाद की खड़ी फसल में पोटाश के 5% घोल का छिड़काव करने से फसल की वृद्धि होती है तथा कीटों एवं रोगों का प्रकोप कम होता है। जल निकास की व्यवस्था होने पर जून माह के मध्य तक गन्ने की पंक्तियों पर मिट्टी अवश्य चढ़ा दें, जिससे जल निकासी के लिए नालियााँ बन जाती हैं तथा गन्ना फसल गिरने से बच जाती है। एक खेत का पानी दूसरे खेत में जाने से रोकना आवश्यक है अन्यथा लाल सड़न रोग का प्रकोप होने पर पूरे क्षेत्र में रोग फैलने की आशंका रहती है।
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